Von besonderer Bedeutung ist die Problematik des Konflikts zwischen Gruppenmitgliedern. Da diese üblicherweise nicht genetisch identisch sind, unterscheiden sie sich in ihren Fortpflanzungsinteressen. Wie äußern sich die daraus resultierenden Konflikte und wie können sie gelöst werden, ohne dass die Gruppe als ganze zerbricht?
In diesem Zusammenhang stehen Vergleiche zwischen Arbeiterinnen klonaler Ameisen, die sich trotz gleicher Genetik, Morphologie, Ontogenese und Physiologie  in ihrem sozialen Status im Nest deutlich unterscheiden. Verhaltensbeobachtungen und experimentelle Manipulation der „frühkindlichen Erfahrung“ der Arbeiterinnen sowie Transkriptom-Analysen sollen helfen, die Ausbildung von Hierarchien zwischen gleichalten und genetisch identischen Individuen zu verstehen.

Bei vielen einzeln lebenden Organismen ist intensive Fortpflanzungstätigkeit mit einer verringerten Lebensdauer verbunden. Desweiteren ist von einigen Insektenarten bekannt, dass bereits die Paarung sich negativ auf die Lebenserwartung eines Weibchens auswirken kann.  Bei Ameisen und anderen mehrjährigen sozialen Insekten ist dies anders: voll fertile Königinnen leben länger als weniger fertile Königinnen oder die nicht-reproduktiven Arbeiterinnen, und die Lebensdauer unverpaart gebliebener Königinnen ist signifikant kürzer als die von verpaarten Königinnen und das selbst wenn ihre Partner vorher durch Bestrahlung sterilisiert worden waren. Wir kombinieren empirische Vergleiche der Lebensdauer und des reproduktiven Erfolgs von Ameisenköniginnen mit Untersuchungen zur Genexpression kombiniert, um die Ursache für diese für Tiere ungewöhnlichen Zusammenhänge zu ermitteln.

Die Populationsgenetik beschäftigt sich mit der Veränderung von Allelfrequenzen innerhalb des Genpools einer Art. Die Fragestellungen sind dabei verschiedener Natur. Bei Ameisen können durch die Analyse der Häufigkeit genetischer Marker (Allozyme, Mikrosatelliten, AFLP)
Verwandtschaftsverhältnisse innerhalb von Kolonien und Ähnlichkeiten benachbarter Kolonien festgestellt werden. Außerdem kann mit solchen Untersuchungen getestet werden, ob Paarungen innerhalb einer Population zufällig sind (Panmixie), ob es Inzucht gibt oder ob die Population geographisch oder ökologisch strukturiert ist, was unter Umständen zur Artbildung führen könnte. Dies wird an Ameisen, und Crustaceen gleichermaßen untersucht.

Chemische Ökologie

Das Tierreich ist voller Signale, die der Mensch nicht wahrnehmen kann. Chemische Signale (Pheromone) spielen bei sozialen Insekten eine entscheidende Rolle in der Aufrechterhaltung des Staates. Kutikulare Kohlenwasserstoffe vermitteln offensichtlich Information darüber, zu welcher Art oder Kolonie ein Individuum gehört, aber auch darüber, welche Funktion es im Staat hat und wie stark es sich fortpflanzt. Mit Hilfe von Gaschromatographie und Massenspektrometrie werden die hieran beteiligten Substanzen von Ameisen identifiziert. Die Chemorezeption biologisch aktiver Substanzen wird durch elektrophysiologische Methoden (EAG, GC-EAD) untersucht. Von besonderem Interesse ist die Frage, inwieweit Kommunikation ehrlich ist ("honest signals") oder ob die Möglichkeit zum "Betrug" und zur Manipulation besteht.