Das Zentrum für Elektronenmikroskopie ist ein Forschungslabor der Fakultät, an dem Mitarbeiter der Institute und Lehrstühle der Fakultät nach Einweisung an wissenschaftlichen Fragestellungen selbständig arbeiten. Das Zentrum gehört zur Fakultät und ist räumlich dem Institut für Anatomie, Lehrstuhl für Molekulare und Zelluläre Anatomie, angegliedert (Prof. Dr. Ralph Witzgall). Derzeit gehören zu diesem Zentrum fünf Mitarbeiter: als Leiter Prof. Dr. Reinhard Rachel, als Doktoranden (über die DFG finanziert) Thomas Heimerl, Jennifer Flechsler und Benjamin Salecker, sowie als technische Assistenz (halbtags) Frau Karin Schadendorf. Weiterhin arbeiten hier eine wechselnde Anzahl von Doktoranden, Master-Studenten, und Technische Assistenten (u.a. Frau Cornelia Niemann, im Rahmen des SFB-Z2-Projekts; Frau Anita Zügner, im Rahmen eines SFB-Projektes, und Frau Christine Meese und Frau Helga Schmidt, als Mitarbeiter des Lehrstuhls von Prof. Dr. Ralph Witzgall). Einige der Schwerpunkte des Labors: Darstellung von Gewebe, Zellen, Proteinkomplexen und Viren mittels Schwermetall-Bedampfung, Gefrierätzung oder (Negativ-)Kontrastierung; Darstellung von Zellen und Geweben in Ultradünn-Schnitten nach (Kryo-)Präparation und Kunstharz-Einbettung; Serienschnitte und Tomographie, mit Rekonstruktion der räumlichen Struktur, Darstellung und strukturelle Analyse von Oberflächen-Proteinen von Mikroorganismen (S-layer, Flagellen, Pili/Fimbrien). Das Zentrum besteht seit 2004. Die Elektronenmikroskope sind in den Räumen VKL 3.1.18, 20 und 21, die Geräte zur Präparation in den Räumen VKL 5.1.10 und 11 untergebracht. Geräteausstattung und Methoden